بیشتر موارد آنفلوآنزا در انسان از ویروس هاى آنفلوآنزاى گروه A ناشى می‌شود.
خود این گروه‌ها برحسب دو گلیکوپروتئین سطحى ویروس یعنى هماگلوتینین (HA) و نورآمینیداز (NA) به زیرنوع هاى دیگر تقسیم می‌شود و بر این اساس انواع مختلف ویروس را با دو حرف H و N و اعداد مختلف نمایش می‌دهند(HxNx).
ویروس آنفلوآنزا، ویروس ناپایدارى است و ترکیب ژنتیکى آن امکان تغییرات ژنتیکى جزیى مکرر را به آن مى‌دهد(antigenic drift). در نتیجه هر زمستان به رغم ابتلاى قبلى به ویروسهاى شایع در منطقه یا واکسیناسیون در سال قبل، همه‌گیری‌های محلى آنفلوآنزا رخ می‌دهد و براى همین است که واکسن هاى آنفلوآنزا باید هر سال برحسب انواع جدید به وجود آمده ویروس دوباره ساخته شوند. این همه‌گیری‌های فصلى حدود ۵ تا ۱۵ درصد افراد جامعه را در سال گرفتار مى‌کنند و معمولاً باعث مرگ و میر نمى شوند، مگر در افراد سالمند یا مبتلایان به بیمارى‌هاى مزمن مثل بیمارى هاى قلبى یا تنفسى. اما به علت مخارج بهداشتى و غیبت افراد از محل کار و تحصیل باعث اتلاف اقتصادى عظیمى مى‌شوند.
ویروس آنفلوآنزاى گروه A ممکن است تغییرات ژنتیکى عمد‌ه‌اى پیدا کند که عمدتاً آنتى ژن H ویروس را تحت تاثیر قرار می‌دهد(antigenic shift). در نتیجه این تغییر ممکن است ویروس جدیدى به وجود آید که بیمارى‌زایى شدیدى دارد و باعث همه گیرى جهانى شود.
بررسى هاى بوم شناختى و فیلوژنتیک نشان مى‌دهد که منبع اصلى طبیعى ویروس هاى آنفلوآنزا گروه A پرندگان آبى هستند. آنها مى‌توانند ویروس را به سایر میزبان هاى حیوانى مانند اسب ها، خوک، مرغ و نیز پستانداران دریایى منتقل کنند. ویروس هاى منتقل شده ممکن است در گونه جانورى جدید مستقر و باعث بیمارى آنها شوند.
ویروس H5N1 عامل آنفلوآنزای مرغی به همین صورت در بدن مرغ و سایر طیور استقرار یافته است، البته این ویروس مى تواند در بدن خوک هم تکثیر یابد. این ویروس در میان مرغ و سایر ماکیان اهلى به سرعت شیوع پیدا می‌کند. ویروس در ترشحات بزاقى و بینى و مدفوع ماکیان موجود است و انتقال بین آنها از راه مدفوعى-دهانى انجام مى‌گیرد. پرندگان آبى مثل اردک‌های وحشی هم که ویروس را در روده خود دارند و آن را در محیط دفع مى کنند، باعث انتقال بیمارى از یک مرغدارى محلى به مرغدارى دیگر به خصوص در جنوب شرق آسیا مى‌شوند.
آنفلوآنزاى مرغى ممکن است به صورت یک بیمارى خفیف که تنها با ژولیدگى پرها و کاهش تولید تخم مرغ همراه است ظاهر شود. اما شکل دیگر بیمارى "آنفلوآنزاى مرغى شدیداً آسیب زا" یا "آنفلوانزای فوق‌حاد طیور" است که اولین بار در سال ۱۸۷۸ میلادى توصیف شد. این شکل آنفلوآنزاى مرغى به سرعت در میان مرغ ها گسترش مى یابد و به فوریت هم باعث مرگ تقریباً صددرصد مرغ هاى مبتلا مى شود. مرغ هاى مبتلا ممکن است در همان روز بروز علائم بمیرند.
براى ایجاد تغییر ژنتیکى عمده در ویروس آنفلوآنزا (antigenic shift) و ظهور ویروسهاى جدید لازم است که ویروس آنفلوآنزاى مرغى و ویروس آنفلوآنزاى انسانى میزبان واسطى (که هر دو در آن قابلیت تکثیر را داشته باشند مثلاً خوک) را آلوده کنند.
ضمن تکثیر دو نوع ویروس در سلول هاى میزان واسط جابجایى قطعات DNA بین آنها صورت مى‌گیرد و در نتیجه این بازترکیبى (reassortment) ممکن است ویروس جدیدى به وجود آید که هم بیمارى‌زایى شدید ویروس آنفلوآنزاى مرغى را داشته باشد و هم دارای قابلیت انتقال انسان به انسان باشد. در این صورت با توجه به انتقال ساده ویروس آنفلوآنزا از انسان به انسان از طریق ترشحات تنفسى، ویروس کشنده جدید که انسان ها هم نسبت به آن ایمنى ندارند همه گیرى جهانى خواهد یافت.
ویروس H5N1 اکنون پس از انکه موارد ابتلای انسانی به آن کشف شده در چنین موقعیتی قرار دارد و ممکن است با جهش های بعدی به آن ویروس نهایی مرگباری بدل شود که دانشمندان نگران ظهور آن هستند. ابتلاى انسان به این ویروس اولین بار در سال ۱۹۹۷ در هنگ کنگ شناسایى شد. ویروس در هنگ کنگ ۱۸ نفر را مبتلا کرد و ۶ نفر را کشت. این اولین بارى بود که انتقال مستقیم ویروس آنفلوآنزاى مرغى به انسان گزارش مى شد. مقامات محلى با کشتن 1.5 میلیون مرغ محلى ویروس را در این کشور ریشه‌کن کردند.
دانشمندان در آن زمان متقاعد شدند که مبتلایان مستقیماً ویروس ها را احتمالاً از راه مدفوعی - دهانى از مرغ‌ها دریافت کرده‌اند.
همه گیرى آنفلوآنزاى مرغى فوق‌حاد از سال 2003 دوباره در مرغدارى‌ها در کشورهاى مختلف جنوب شرق آسیا آغاز و به دنبال آن موارد ابتلا و تلفات انسانى هم گزارش شد. این ویروس از همان نوع H5N1 بود که در هنگ کنگ شناسایى شده بود، هر چند تفاوت هاى ژنتیکى جزیى با آن دارد. در سال‌های بعد با گسترش ویروسH5N1 بوسیله پرندگان وحشی مهاجر بیماری را به غرب آسیا، شمال آفریقا و اروپا گسترش داده و تا به حال باعث مرگ بیش از 150 نفر شده است.
این همه‌گیرى گسترده این امکان را به وجود آورده است که ویروس آنفلوآنزاى مرغى در انسان ها (که این بار میزبان واسط هم محسوب مى‌شود) با ویروس آنفلوآنزاى انسانى تبادل ژنتیکى انجام دهد و ویروس آنفلوآنزاى جدیدى با قابلیت بیمارى زایى شدید و امکان انتقال ساده انسان به انسان به وجود آید، هر چند تا به حال موردى از این انتقال گزارش نشده است.
